馬祖列島因其獨特的自然資源與人文歷史背景,而有發展生態觀光旅遊的優勢條件。2000年成立馬祖列島燕鷗保護區後,更發現了世界瀕危的黑嘴端鳳頭燕鷗,當年也開始推動賞鷗旅遊。自2008年以來,農委會林務局委託本團隊進行馬祖燕鷗保育工作,發現繁殖季初期(5∼6月)的棄巢與颱風是燕鷗的主要威脅,顯示保護區在繁殖季初期的管理工作至為重要。馬祖的賞鷗旅遊在歷經數年的協調與溝通下,雖並未發現有對環境造成衝擊或對野生動物的干擾情形,但遊客的參與意願與投入程度仍偏低。本文建議未來應提高賞鷗旅遊解說專業度或增加其他行前導覽設施,以加深遊客與自然環境的互動體驗,才能在永續發展的前提下提升旅遊的收益。並建議未來應透過產學合作的方式,研究人員與地方的旅遊業者合作進行保護區巡守人員的培訓,讓保育的力量在地化,且強化地方產業與生態保育的鏈結。