摘要
人體微菌叢基因體和人類許多生理反應以及疾病都有關聯，最近的研究也開始探討其和致病菌的移生、感染、以及傳播之間的關聯。目前關於微菌叢基因體的研究方法，主要是基於放大且定序古細菌（Archea）及細菌（Bacteria）中的16S rRNA基因。微菌叢和感染症的關聯中最為人所知的觀念就是移生的抗性（colonization resistance），也就是腸道的微菌叢可以對抗外來腸道致病菌的入侵，也可以避免微菌叢中的具有致病力的腸內菌繁殖。如果破壞了這些腸道微菌叢，就有機會得到後續致病菌的感染，臨床上抗生素的使用正是破壞腸道的微菌叢最常見的原因。目前最為人所知因為抗生素的使用破壞了腸道的微菌叢而導致感染症是困難梭菌（Clostridium difficile）感染，微菌叢植入治療（fecal microbiota transplantation）已經證實在頑固性難治的以及復發性的困難梭菌感染有很好的效果。此外因為抗生素的使用失去了移生的抗性，腸道中的環境除了容易得到外來的多重抗藥性的細菌或是使原本存在的少量抗藥性細菌增長，多重抗藥性細菌感染或移生也是和微菌叢關係相當密切的。重症病人的感染症以及血液腫瘤病人的感染症也是目前研究其和微菌叢關聯性較多的主題；最近關於結核菌感染以及人類免疫不全病毒感染和腸道微菌叢的關聯也開始有相關起步的研究。未來的研究希望能建立微菌叢基因體中的特徵和感染症的明確因果關聯，解開微菌叢基因體和感染症的因果關聯，未來就能利用益生菌來改變腸道的微菌叢，或是利用微菌叢植入治療來面對感染症。
參考文獻
Araos R, D'Agata EMC. The human microbiota and infection prevention. Infect Control Hosp Epidemiol 2019 (in press).
Parte AC. LPSN—List of prokaryotic names with standing in nomenclature (bacterio.net), 20 years on. Int J Syst Evol Microbiol 2018; 68:1825-9.
Morgan XC, Huttenhower C. Chapter 12: Human microbiome analysis. PLoS Comput Biol 2012;8:e1002808.
Morgan X, Huttenhower C. Meta'omic analytic techniques for studying the intestinal micriobiome. Gastroenterology 2014;146:1437-48.
Quince C, Walker AW, Simpson JT, Loman NJ, Segata N. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol 2017;35:833-44.