摘要
具獨特性基因生命條碼（DNA Barcode）的正確辨識能有效協助生物分類學家區別不同物種，而魚類基因條碼分群系統的開發則可以協助政府單位快速及正確鑑定不同漁產品食材成分的真偽或是辨識未知魚種的真正品種。基因生命條碼必須具有同物種間高保留性及跨物種間高獨特性兩大特性。以動物為例，座落在粒線體的細胞色素c氧化酶I（Cytochrome c oxidase I, COI）基因序列正具有這兩種特性，但也因為具有獨特性特徵，不同親緣遠近物種的COI序列的確具有不同程度的差異性，所以無法直接設計相同引物進行PCR擴增實驗並成功擷取COI基因進行序列的差異性比對，因此這類實驗設計已轉向使用具有高保留性的tRNA（transfer RNA）基因序列作為新引物的設計區域。本論文有別於傳統方法使用COI基因序列本身作為開發引物的設計範圍，鎖定魚類的粒線體基因序列資訊，延伸使用座落於COI基因序列上下游的tRNA基因序列作為新引物組的開發區段，嘗試提供最少及最有效的引物組數量進行生物實驗驗證，並將引物的設計結果進行序列交叉比對分析，以確保每對引物的設計能成功分辨不同科、不同屬甚至是不同種的魚類物種鑑別應用。