馬祖「小三通」之兩岸經貿等有關交流,實施至2013年已超過12年以上。這是馬祖在經濟發展上之特殊機會。所以,本研究在實證研究途徑下,根據行政院大陸委員會經貿交流統計-金馬小三通航運人員往來統計月報,以及社會交流統計-兩岸交流統計比較摘要有關數據中,馬祖與福州間,以及兩岸重要交流往來等有關數據,進行統計等分析。研究發現,馬祖與福州間「小三通」之交流人次,在2001年至2009年大幅成長,但自2009年至2013年則呈現震盪下滑走勢,其原因可能與「大三通」實施有關。此外,臺灣人民與船舶馬祖至福州出境之人次與船次皆較中國大陸人民與船舶福州至馬祖入境之人次與船次多。在單根檢定分析上,發現自2001年1月至2013年7月,臺灣人民馬祖至福州人次與中國大陸船舶福州至馬祖航次,為不拒絕單根假設。但經一階差分後,所有序列皆為平穩序列。在常態性檢定分析上,可知只有臺灣人民馬祖至福州出境人次之一階差分與臺灣人民前往中國大陸人次,以及臺灣人民前往中國大陸人次之一階差分等三個序列服從常態性,其他序列皆無服從常態性。而在Chow分割點檢定分析上,研究發現臺灣人民由馬祖至福州出境之人次,並無顯著地在2009年1月前後產生重大結構改變。亦即「大三通」實施後,並無顯著地影響馬祖與福州「小三通」中,臺灣人民由馬祖至福州出境之人次。可是經進一步觀察,似乎大致可看出自2006年1月至2013年7月,臺灣人民馬祖至福州出境人次與臺灣人民前往中國大陸人次之走勢並不同,且在2009年後也呈現出漸行漸遠之趨勢。可見仍不能完全排除「大三通」實施後,並無顯著地影響馬祖與福州「小三通」。所以,本研究認為未來有關政策實施上,應重視馬祖「小三通」在兩岸「大三通」實施後,如何避免交流成長趨緩與下降,甚而走向邊緣化,以及對外交通改善等有關問題,以幫助馬祖經濟發展。