Mitochondrial D-loop as Marker for Genetic Diversity Study of Giant Grouper (Epinephelus lanceolatus ) Broodstocks in Taiwan

利用粒線體控制區為基因標誌探討台灣龍膽石斑種魚基因多樣性

王廷瑜(Ting-Yu Wang) ； 徐浩軒(Hao-Hsuan Hsu) ； 陳永茂(Young-Mao Chen) ； 蔡子星(Chee Shin Chua) ； 顧曉哲(Hsiao-Che Kuo) ； 陳宗嶽(Tzong-Yueh Chen)

《臺灣水產學會刊》 42卷2期 (2015/06) Pp. 87-94

https://doi.org/10.29822/JFST.201506_42(2).0002

摘要

Analysis of D-loop region in mitochondria of 20 groupers collected from two different regions shows that there are 18 single nucleotide polymorphic (SNP) sites which made up 8 different haplotypes. Giant grouper broodstocks from Malaysia (M-type) and Philippines (P-type) coastal regions do not share common haplotypes and 2 distinctive haplogroups can be categorized (M-type and P-type). Groupers from the same region (M-type or P-type) showed closed genetic distance (maximum value of 0.0039230 in M-type and 0.0039386 in P-type). On the other hand, high genetic distance was measured between broodstocks from different coastal regions (a minimum value of 0.0119048). SNPs on mitochondrial D-loop is useful for studying genetic diversity in grouper and can be used in broodstock management.

關鍵字

Giant grouper ； Mitochondria D-loop ； Single-nucleotide polymorphism ； Haplotypes ； Broodstock

並列摘要

在本篇研究當中，我們主要採集台灣種魚中來自二個不同海域的20尾龍膽石斑種魚組織，並分析其粒線體控制區序列，經由序列分析結果發現可呈現18個單核酸多態性(SNP)位點變異，從而分類成8個不同的單倍基因型。同時，由於本研究所採集二個不同海域種魚分別來自馬來西亞(M型樣本)及菲律賓(P型樣本)沿海地區，透過比對樣本彼此間的單倍基因型，可發現二個海域間的龍膽種魚具有極明顯的基因差異。而當再進一步地分析，更可發現同一海域當中，不同的龍膽種魚樣本間遺傳距離是相對較低的(M型樣本間的最大遺傳距離為0.0039230；P型樣本間的最大遺傳距離為0.0039386)，但不同海域的龍膽種魚樣本間遺傳距離則相對高出許多(最小的遺傳距離為0.0119048)。因此，透過本篇研究結果可得知，龍膽石斑的粒線體控制區序列片段具有核酸點變異可歸類出不同基因類型，日後對於探討龍膽石斑種內族群遺傳多樣性將極有助益；而於實務應用方面，尤其對於龍膽種魚養殖業者而言，本研究結果確實可開發成育種管理來自各海域親魚樣本的一項辨識工具。

並列關鍵字

龍膽石斑 ； 粒線體控制區域 ； 單核酸多態性 ； 單倍基因型 ； 種魚