隨著電腦的能力越來越強大,以及各種新方法的發展,電腦分子模擬在科學研究上所扮演的角色也越來越重要。誠然,在可預見的未來,電腦模擬仍無法完全取代實驗,但是以模擬與實驗互相配合以進行研究,已經成為不可避免的趨勢。特別是在近年來非常熱門的奈米科技領域,電腦模擬的一個重要限制-系統大小,已不復存在。相反的,電腦模擬所能提供的微觀理解,對奈米材料的性質了解與設計,有不可取代的重要性。例如:美國的奈米材料製造商為求對材料的進一步瞭解,主動尋求電腦分子模擬的支援,足見電腦分子模擬所受到的重視與日遽增。然而,電腦分子模擬也有其限制,除了空間上的限制(系統大小),時間也是限制電腦分子模擬實用性的重要因素。此外,除了採用量子力學的「第一原理計算」(first principle or ab initio calculation)外,所有的分子模擬皆需要使用「力場模型」(force field or potential model),而這些力場模型的參數,通常必須由實驗數據中迴歸而得,此點更加限制了電腦分子模擬的準確度與實用性。在本文中,我們將簡單介紹分子模擬以及其優勢與限制,以期能更了解分子模擬並善用之。