呼吸系統一向是空勤體檢的重點之一,蓋因當飛行員處於高空缺氧,必須有良好的生理反應,來維持正常的肺通氣和動脈血氧飽和度。 拘束性肺疾病和阻塞性肺疾病,皆可能妨礙氣體交換;氣胸將會導致肺臟膨脹不合,肺部隱藏的氣和氣氣囊將形成積氣,故必須找出病理原因而排除。此外,細菌和微型菌感染的肺疾病,也必須注意,尤其是罹患肺結核者極可能造成座艙中同伴的憂懼,停飛乃必然之事。 既有的呼吸系統疾病很可能會影響心臟血管系統的功能,因此這些疾病必須確認不再復發時,纔考慮予以缺點免計。
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