- 期刊
使用字尾樹設計特異引子挑選演算法之研究
A study on Specific Primer Selection Algorithms Using Suffix Trees
摘要
DNA晶片（DNA microarray）為近年來廣受眾人矚目的生物技術，在檢測過程中，需使用聚合酶鏈結反應（PCR）複製檢體，引子（primer）的挑選決定了實驗結果的好壞與成本，為了增進引子的特異性（specificity），一般引子長度設定為18－25鹼基對（bp），傳統使用雜湊（hash）法的引子挑選演算法，無法達到此長度範圍之引子選擇。本論文改採用字尾樹（suffix tree）演算法，改善雜湊法引子長度受限的問題。但是當引子長度越長時，其挑選出的引子數量也隨之增加，本論文加入引子特異性的判斷方式，保留特異性高的短引子，不足之處再以長引子取代，有效挑選出特異性高、引子數量少的引子集合。
並列摘要
DNA microarrays are very useful for analyzing gene expression of entire bacterial transcriptomes. Thousands of hybridizations can be run at the same time on a microarray. Before hybridization, the mRNA samples are often reversely transcribed into cDNA by random primers and are labeled with fluorescent dyes. Our algorithm can find primers of length ≥ 18 and select primers with high specificity by using suffix trees.
延伸閱讀
- Chin, L. Y. (2016). 應用混合式數據引力分類演算法於基因表現資料分類問題之研究 [master's thesis, National Tsing Hua University]. Airiti Library. https://www.airitilibrary.com/Article/Detail?DocID=U0016-0401201815525203
- 黃順吉、林俊宏、陳璽煌（2018）。改良找尋Top-K頻繁項之Misra-Gries演算法實作。載於國立東華大學（主編），NCS 2017 全國計算機會議（頁415-419）。國立東華大學。https://doi.org/10.29428/9789860544169.201801.0079
- Hornansky,Martin (2017). 使用進化策略演算法及標的編程對短長度盧比抹除更正碼作多目標性能制定之研究 [doctoral dissertation, National Chiao Tung University]. Airiti Library. https://www.airitilibrary.com/Article/Detail?DocID=U0030-2212201712250412
- 莊朝淵（2004）。A Convolution-Based Function on Attribute Selections of Decision Tree〔碩士論文，國立臺灣大學〕。華藝線上圖書館。https://doi.org/10.6342/NTU.2004.10009
- Lin, Y. C., & Lin, C. M. (2000). Efficient Parallel Prefix Algorithms on Multicomputers. Journal of Information Science and Engineering, 16(1), 41-64. https://doi.org/10.6688/JISE.2000.16.1.2