木黴菌在農業上的應用在於被使用於防治立絲枯核病菌所引起的病害開始,揭開了有關木黴菌應用於植物病害的防治史,爾後木黴菌也證實是最具潛力的生物防治真菌之一。木黴菌可以抑制或防治作物病原菌害的主要機制,可歸類成5大類:抗生素的產生、營養競爭、超寄生、細胞壁分解酵素及誘導植物產生抗性,現已有多種產品問市。此外木黴菌可產生纖維質分解酵素,可分解大量的農業資源廢棄物,本場經多年研究,己開發多種有益微生物應用於資源廢棄物處理上,其中木黴菌Trichoderma asperillum TCT-N系列菌株已研發多項產品如生物性堆肥、介質、微生物製劑等於田間運用成效顯著。未來,增加對木黴菌菌株特性(如對環境、作物適應性、病原防治機制等)、病原菌和病害發生生態,以及拮抗菌、病原菌和作物間相互作用的了解,才能有效運用木黴菌。