目前中國大陸對臺商投資保護法律體系上至憲法,下至地方性法規不一而足。目前臺商主要適用的投資保護法規為1994年通過頒布的《中華人民共和國臺灣同胞投資保護法》與1999年的《中華人民共和國臺灣同胞投資保護法實施細則》,其中關於「投資主體」的認定對臺商至為重要,也關係著臺商適用法律的權益。臺商在遭遇投資糾紛時一般透過協商、調解、仲裁與民事訴訟的方式來排解;行政爭議則是透過行政覆議與行政訴訟兩程序。但不論採取何種方式,臺商投資糾紛還是需要大陸健全法制體系與加強執行層面及簽訂兩岸投資保障協議會相對具有保障。