日本鰻 (Anguilla japonica) 為降海洄游型魚類,一生中都在淡水與海水之間洄游,銀化後即離開淡水環境,洄游到深海產卵。成魚廣泛分布於台灣、中國大陸、韓國及日本等地的淡水溪流、湖泊及河口區。近年來,根據耳石微化學的研究發現,有70% 的鰻魚並不溯河而棲息在河口域 (Estuarine contingent) ,真正溯河的個體 (Freshwater contingent) 只佔了15% 左右;有些甚至停留在海水環境中直到銀鰻階段為止 (Seawater contingent),結果顯示日本鰻的生活史並不如想像中單純。因此本研究依據成長期黃鰻的棲地選擇型態,將鰻魚分為海水鰻 (Sea eel) 、淡水鰻 (Freshwater eel) 與半淡鹹水鰻 (Brackish eel),本研究擬結合耳石鍶鈣比分析與微衛星 DNA 分析,探討日本鰻的棲地選擇是否會造成族群分化。 由於粗厚鰻居線蟲 (Anguillicola crassus) 寄生於鰻魚泳鰾內,嚴重時會使泳鰾腫大、壓迫內臟造成腹部紅腫,甚至泳鰾破裂,影響游泳能力。粗厚鰻居線蟲生活史中有一小段幼蟲時期游離於水體中,且有文獻顯示此時期的幼蟲在淡水環境中能存活的時間遠久於海水環境中,其個體較偏好生活於淡水環境。因此本研究亦結合耳石鍶鈣比分析以及粗厚鰻居線蟲的感染參數,分析不同棲地的鰻魚對粗厚鰻居線蟲的感染模式。 結果顯示,日本鰻在淡水型、海水型和半淡鹹水型這三型之間族群分化程度不高,整體而言並無顯著差異。此外,粗厚鰻居線蟲的感染參數顯示,三型鰻魚皆有感染粗厚鰻居線蟲,且其盛行率相近;而豐富度與平均感染強度則有隨鹽度增高而下降之趨勢。根據本研究結果推論,日本鰻的棲地選擇行為不會造成族群分化;且其多樣化的棲地有助於分散粗厚鰻居線蟲對鰻魚的感染威脅。