在本研究中,由粒線體DNA的控制區序列片段與頭骨型態兩種特徵,探討西太平洋與東熱太平洋的五個海域中,泛熱帶點斑原海豚的地理變異、族群遺傳多樣性、族群分化與地理親緣關係;並推估其生態與族群分化的可能機制。經試驗與分析後,得到結果如下:由 447個鹼基之粒線體DNA控制區序列,探討台灣海域之泛熱帶點斑原海豚的族群遺傳結構與多樣性發現,位於亞洲大陸棚的台灣海峽淺水域與大陸斜坡陡降的台灣東部深水域的泛熱帶斑海豚族群,彼此之間並無顯著分化,可視為單一的保育經營單位。東、西太平洋海域間之泛熱帶點斑原海豚頭骨型態,在性別與地理變異都有顯著的不同。西太平洋區的日本與台灣海域的海豚頭骨具顯著的兩性雙型,與前人在東熱帶太平洋海域所研究的結果相似。整體而言,雄性海豚擁有較大而粗壯的嘴喙、腦室與鼻腔通道;兩性頭骨的差異反應雌、雄海豚不同的成長、生殖策略、與相異社會行為模式。台灣、日本與東熱帶太平洋三個海域的泛熱帶點斑原海豚具有顯著的地理變異,而其地理變異可能受海洋環境因子更勝於地理距離的影響。利用粒線體DNA控制區序列資料,估算東、西太平洋區的五個海域之泛熱帶點斑原海豚族群的分化與地理變異,並推測族群變動史。由AMOVA 分析顯示東西太平洋區的五個族群有顯著的地理分化。而巢式支序分析發現,共有六個階層支序呈現地理-遺傳顯著關聯,推測造成五個太平洋海域泛熱帶點斑原海豚之地理-親緣關聯的族群變動史,可能是長距離的殖入、大範圍的族群擴張、族群間的碎裂式分布或是長地理距離所造成的隔離。