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  • 學位論文

微陣列基因晶片實驗數據的統合分析

指導教授 : 許文郁
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摘要


近年來,生物晶片中的基因晶片已經成為生命科學裡重要研究工具,其中又以Affymetrix公司所生產的基因晶片最為常用。由於晶片的製作成本費用高,所以做晶片數據分析時,受限於樣本數太少,資料數不足的困境,藉由Affymetrix晶片資料庫的建立,使得我們有大量的數據,以往的Affymetrix晶片分析,是找出晶片上的顯著基因,但我們有別於顯著基因的發現,目的是找出晶片上特殊表現的基因。 透過統合分析,希望從中找出基因表現的特殊資訊,由於一片晶片上有22283個探針組(基因片段),大部分的探針組亮度分佈呈現單峰,而少部分的探針組亮度分佈為雙峰,對這些雙峰的探針組表現感到興趣,且因為這些基因片段表現量會隨器官的種類不同而異,透過這些少數的雙峰表現基因片段,發展出一套生物顯著指標(BSI),而不需使用整片晶片上的所有探針組的資訊,亦可省去將探針組進一步整合為基因表現的步驟,,即可將器官以及其器官內次種類正確的分類。

參考文獻


12. 陳泰伸(2006). 校準模式在Affymetrix基因晶片資料上的應用. 國立台灣大學農藝學研究所碩士論文.
1. Shalon ,D., Smith, S.J., Brown, P.O. (1996) A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. Genome Res 6: 639–645.
5. Ramasamy A, Mondry A, Holmes CC, and Altman DG.(2008). Key Issues in Conducting a Meta-Analysis of Gene Expression Microarray Datasets. PLoS Med 2008 Sep 2; 5(9) e184.
6. Affymetrix(2002). Statistical Algorithms Description Document.
7. Bolstad, B.M., Irizarry ,R.A., Astrand, M., Speed, T.P.(2003) A Comparsion of Normalization Methods for High Density Oligonucleotide Array Data Based on Bias and Variance. Bioinformatics. 19(2):185-193.

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