生物體中存在著各種生物超分子(supramolecule),例如nuclear pore complex, postsynaptic density (PSD), brain melanin granule, ribosome,這些由各種巨分子(Macromolecule)所聚合而成的結構,往往在生物體內扮演重要的角色,藉分析這些生物超分子的組成與結構,我們可以瞭解其作用機制。隨著蛋白質體學技術的發展,對於超分子中蛋白質組成的研究,已經有許多方法學發展成熟,然而對其蛋白質空間排列的研究相對缺乏,本實驗發展出一套方法,用以鑑定蛋白質在超分子中所在位置的深淺分層。我們先以一個已知蛋白質組成的系統three-layered protein complex(TPC)來驗證此方法學的可行性後,再以後突觸質密區(postsynaptic density,PSD)為實驗對象,進行對其空間結構的分析。 根據本篇論文所研發之方法對PSD的分析結果,我們可將PSD蛋白質分為四大類,分別為距表面3.5nm內的蛋白質、距表面3.5∼7nm區域的蛋白質、距表面7nm內的蛋白質以及距表面超過7nm的蛋白質,整理以上結果,可描繪出在PSD中蛋白質分層的情形,而除了可用於對PSD的研究之外,本篇論文同時也提供了分析其他超分子空間結構的一個方法學。