幽門螺旋桿菌單股DNA結合蛋白質與單股DNA結合模式研究

The ssDNA Binding Mode of Single-stranded DNA binding Protein from Helicobacter pylori

李易撰(Yi-Juan Lee)

指導教授 ： 孫玉珠

國立清華大學/生命科學院/生物資訊與結構生物研究所/碩士(2008年)

摘要

單股DNA結合蛋白質(SSB)在DNA之代謝中，包括複製、修復及重組的過程中扮演重要的角色。SSB之N端區域形成一種寡醣核苷酸結合區使之能與DNA結合，而C端是一段具有高度保留特性的酸性胺基酸序列，其重要性為與其他參與DNA代謝的蛋白質作用。為了解單股DNA與SSB在溶液中的結合情形，我們利用螢光滴定法與凝膠阻滯分析法觀察其複合物的形成，其結合方式為一個SSB(其在生理環境下作用為四聚體)與25到30個核苷酸結合。本實驗室利用X光晶體繞射實驗決定C端去尾之胃幽門螺旋桿菌SSB (HpSSBc)之結構，所得的晶體最高解析度達2.3 Å。在晶體中顯示出兩條單股聚核苷酸(長度各為35個胸腺嘧啶核苷酸)與一個SSB四聚體結合。單股DNA藉由靜電力與疏水性堆疊作用力與HpSSBc纏繞。HpSSBc四聚體在水溶液中以30個核苷酸之結合模式作用，而我們在晶體中則觀察到65個核苷酸之結合模式。這兩種不同的結合模式可能分別作用在DNA複製、修復及重組的過程中。

關鍵字

單股DNA結合蛋白質

並列摘要

HASH(0x1c723ba0)

並列關鍵字

HASH(0x1c723a60)

參考文獻

1. Danesh, J. (1999). Helicobacter pylori and gastric cancer: time for mega-trials? Br. J. Cancer 80, 927-9.

2. Scheiman, J. M. & Cutler, A. F. (1999). Helicobacter pylori and gastric cancer. Am. J. Med. 106, 222-6.

4. Covacci, A., Telford, J. L., Del Giudice, G., Parsonnet, J. & Rappuoli, R. (1999). Helicobacter pylori virulence and genetic geography. Science 284, 1328-33.

5. Lacy, B. E. & Rosemore, J. (2001). Helicobacter pylori: ulcers and more: the beginning of an era. J. Nutr. 131, 2789S-2793S.

6. Kinebuchi, T., Shindo, H., Nagai, H., Shimamoto, N. & Shimizu, M. (1997). Functional domains of Escherichia coli single-stranded DNA binding protein as assessed by analyses of the deletion mutants. Biochemistry 36, 6732-8.