審計機關在政府財務制度的角色,最重要的工作為審核決算,為「編造決算最終審定數額表」,及依限「提出審核報告」。審計機關決定剔除、繳還或賠償之案件,應通知該負責機關之長官限期追繳。延誤追繳,致公款遭受損失者,應負損害賠償之責。審計的法定職責,始於監督政府預算執行,而終於核定財務責任。此為財務審計之權源。 但近來逐步投入較多的人力與資源辦理績效審計,因此,欲自法律觀點檢視財務審計與績效審計之差異。審計機關在財務審計之職權上之實質意義,在發揮合法性審計之功效,具有行政機關之職能。審計機關在績效審計之職權上之實質意義,在促進政府良善治理,具有監察之職能。但對修憲後之監察院,學說普遍認為具相當程度行政機關性質,審計機關所為的對外行為自是行政行為。 本文嘗試在公法學領域及理論為政府審計行為定性,傾向建立以將審計結果通知事項定性為行政處分為中心之制度環境,對行為發動後,不致發生法律效果者,則定性為具行政指導性質之事實行為,以利既有行政程序法及相關法制與財政法或審計法規的運用關聯,方以架構成完整的政府行政。 至最終審定制度是決算法之設計,代表審計機關在政府財務聯綜組織的高權宣示。廢除最終審定制度,應待政府審計制度欲建立之法制方向確立,肯認政府審計行為之定性後始為之。否則等同宣示,放棄財務審計藉由決算的審核監督行政之原意,走向監察審計為主體之業務審計。