物種親緣分析-使用細胞核編碼之粒線體蛋白質 物種親緣分析-使用細胞核編碼之粒線體蛋白質

Phylogenetic Analysis Using Nuclear-Encoded Mitochondrial Proteins

陳建樺(Chien-Hua Chen)

指導教授 ： 蕭震緯

亞洲大學/資訊學院/生物資訊學系碩士班/碩士(2008年)

摘要

粒線體在真核生物中常被稱為生物發電廠，它供給了真核生物體內80%以上
的能量，因此在真核生物中是一個很重要的胞器，而且它還具有屬於自己的
DNA、核糖體、蛋白質等，因此粒線體基因組及粒線體蛋白質被廣泛的用來做
親緣分析。而本研究認為細胞核DNA 所編碼的粒線體蛋白質也可以用來建構物
種之間的親緣關係，因此提出了一個直觀而有效的方法來解答物種之間相對位置
的關係；從SWISS-PROT 資料庫中挑選出13 個物種，其亞細胞位置在粒線體的
蛋白質，利用MDS(multidimensional scaling)解出物種間的距離關係，將之視覺
化得到13 個物種的3D 親緣地圖，其結果顯示出令人滿意的結果，或許可以成
為親緣分析研究的另一個思考方向。

關鍵字

親緣距離矩陣 ； 多維尺度法 ； 核編碼粒線體蛋白質

並列摘要

Mitochondria have been known as power sources for energy transduction in
eukaryotic cells. Hence, mitochondrial genomes and proteins have been used widely
for phylogenetic analysis. However, nuclear-encoded mitochondrial proteins are
considered in this study to construct phylogenetic relationship among species. An
intuitive yet effective and efficient approach to solving relative positions of species is
proposed. The derived phylogenetic map demonstrates a satisfactory result, and may
indicate an alternative way for phylogenetic analysis. A more complete data set is
nevertheless a need.

並列關鍵字

phylogenetic distance matrix ； multidimensional scaling ； nuclear-encoded mitochondrial protein

參考文獻

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