DNA Barcoding of Nyssaceae (Cornales) and Taxonomic Issues

DNA條碼在藍果樹科（Nyssaceae）植物中的應用及分類探討

王年(Nian Wang) ； Frédéric M. B. Jacques ； Richard I. Milne ； 張長芹(Chang-Qin Zhang) ； 楊俊波(Jun-Bo Yang)

《Botanical Studies》 53卷2期 (2012/04) Pp. 265-274

摘要

DNA條碼，作為物種鑒別工具，在動物中得到廣泛應用。然而對於植物，其標準DNA條碼仍沒確定。在本研究中，我們評價了四個候選條碼（matK，rbcL，trnH-psbA和ITS）在九種藍果樹科（Nyssaceae）植物中的應用。結果表明，作為陸地植物核心條碼matK + rbcL在該科中表現不佳而ITS表現最好。與ITS相比，這幾個葉綠體基因的鑒別率較低，可能由於該科藍果樹屬（Nyssa）存在種間分類問題。研究還表明，上思藍果樹（N. shangszeensis）、中華藍果樹（N. sinensis）、瑞麗藍果樹（N. shweliensis）以及文山藍果樹（N. wenshanensis）是否成立有待結合形態學及進化速率較快的基因進一步確定。

關鍵字

DNA條碼 ； ITS ； matK ； 藍果樹科 ； rbcL ； trnH-psbA

並列摘要

DNA barcoding, as a tool for species discrimination, has been efficiently used in animals. However, there are still debates on which DNA region (s) can be adopted as the standard barcode (s) for land plants. In the present study, we evaluated the four proposed barcoding loci (matK, rbcL, trnH-psbA and ITS) on nine species of Nyssaceae. The results showed that ITS was the best performing single locus, although matK + rbcL might be used as the core barcodes for land plants. The chloroplast regions have low resolution compared with ITS. The low efficiency of these candidate barcodes in Nyssaceae might be caused by a poor taxonomy, especially within the genus Nyssa. The results also indicated that species status of N. shangszeensis, N. sinensis, N. shweliensis and N. wenshanensis requires to be reevaluated based on more morphological characters combined with rapidly evolving loci.

並列關鍵字

DNA barcoding ； ITS ； matK ； Nyssaceae ； rbcL ； trnH-psbA