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  • 學位論文

以老鼠疾病數量性狀基因座區域預測人類基因圖譜上疾病候選基因

Predicting Disease Candidate Genes in Human Genome Using Rat Disease Quantitative Trait Loci

指導教授 : 蘇豐文
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摘要


在生物體外在性狀(traits)上,有分質量性狀(qualitative traits)和數量性狀(quantitative traits),而質量性狀,外表型呈現簡單的比例而非連續性的分佈,如:人類的血型、色盲,數量性狀在外表型程連續性的變化,如﹕人類的肥胖、血壓 ,數量性狀由多對基因所控制,複雜的數量性狀,往往不是由一兩個基因的影響, 而是由在人類23對染色體上散佈在各處的眾多基因所共同影響,研究數量性狀是利用動物的回交方式,控制其交配和環境因素,而人類遺傳性狀研究則是利用核心家庭(nuclear family)資料來當做實驗的樣本,以家庭為單位的遺傳資料取樣, 但因人類數量性狀基因座(quantitative trait loci)資料較少,而老鼠數量性狀基因座資料相對較多,因為老鼠回交實驗比研究疾病家族的數據較多,所以老鼠適合用來研究人類疾病的模式動物。 故本論文利用老鼠數量性狀基因座,來預測人類基因圖譜上疾病候選基因, 先搜尋OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)已知的人類遺傳疾病基因資料,將遺傳疾病基因其蛋白質序列,送入整合型蛋白質資料(EMBL-EBI)InterPro 得到其遺傳基因上蛋白質模組(protein domain),從這些遺傳疾病的蛋白質模組來當做對照組來找尋,老鼠遺傳疾病數量基因座區域經由比較基因圖譜,對應到人類染色體區域,人類染色體區域內的基因送入整合型蛋白質資料(EMBL-EBI)InterPro得到其基因上的蛋白質模組,而這些基因有者影響遺傳疾病的候選基因,利用來自OMIM人類遺傳疾病基因其蛋白質模組編號和被對應到人類染色體區域內的基因上蛋白質模組編號做比對,找出人類遺傳疾病候選基因,除了找出可能的遺傳疾病候選基因,還發現候選基因內的某些特定蛋白質模組,會重複出現伴隨者來自OMIM指定遺傳疾病基因的蛋白質模組,而這些蛋白質模組可能是影響者此遺傳疾病的重要蛋白質模組,可做為將來進一步的尋找遺傳疾病候選基因的研究。 關鍵字:數量性狀基因座,比較基因圖譜,蛋白質模組,疾病候選基因。

參考文獻


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