- 學位論文
罕見變異關聯性分析之方法與比較
Approaches and Comparison for Tests of Association with Rare Variants
摘要
人們對罕見變異與疾病關關聯性分析的興趣有提升的趨勢，因為發現有一些明顯的證據顯示某些疾病歸因於罕見變異(例如：大腸腺癌、精神分裂症)。傳統的單核苷酸多型性生物晶片(SNP microarray)在偵測罕見變異(maf<0.05)上效果不彰，然而新一代全基因定序(next-generation sequencing ; NGS)技術則可輕易地找出這些罕見變異。本篇論文著重於分析從 NGS 產生的罕見變異，並找出其與疾病的關聯性。現有既存而一般的關聯性檢定大多是針對常見變異所設計的，在對付這些罕見變異時則顯得效能低落。本文將分析 UK10K 計畫 (http://www.uk10k.org/) 中 214 位精神分裂症患者(僅exome)與 740 位健康的人(whole genome)的資料，利用它們在第12號染色體上的 NGS 基因序列資料，來介紹眾多的罕見變異關聯性分析軟體。我們由dbSNP的版本Hg19中整理出1080個有變異的基因組進行分析。
並列摘要
參考文獻
1. Li, B., & Leal, S. M. (2008). Methods for detecting associations with rare variants for common diseases: application to analysis of sequence data. The American Journal of Human Genetics, 83(3), 311-321.
2. Madsen, B. E., & Browning, S. R. (2009). A groupwise association test for rare mutations using a weighted sum statistic. PLoS genetics, 5(2), e1000384.
3.詹蕙安，「罕見變異關聯性分析的分類與介紹」，國立交通大學，統計學碩士，民國102年七月
4.廖子慧，「新一代全基因定序分析流程 新一代全基因定序分析流程 :以人類基因為例 」，國立交通大學，統計學碩士，民國102年六月
5. Hindorff, L. A., Sethupathy, P., Junkins, H. A., Ramos, E. M., Mehta, J. P., Collins, F. S., & Manolio, T. A. (2009). Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106(23), 9362-9367.