「科學引用文獻索引」(SCI)是美國科學資訊研究所(ISI)所出版「引用文獻索引」(CI)幾個不同專業版本之一,ISI透過專家判斷、期刊標準及引用分析等準則來選錄世界各國所發行的重要科技期刊,先將合於條件者收錄於「最新期刊目次選輯」(CC)中,經過一段時間評估,其被引用頻率達到水準後,才會收錄於SCI中。期刊之影響指数(IF)是被引用篇次舆論文發表數量之比,可以反應該期刊所刊載論文被引用的頻率,但其數値之高低並不是ISI評選之唯一因素。台灣醫誌在改進内容及品質後,通過ISI之評選標準,於1996年(95卷)1月號開始列入SCI。在1996年的期刊引用報告(JCR),可看出台灣醫誌的影響指數為0.186,在所歸屬的一般醫學類98種期刊中排第78名。醫學期刊若能進入SCI名單,不但可提高知名度,更可吸引讀者閱讀或投稿。但一期刊要進入SCI,並非易事,所花之代價甚大,而在進入SCI後,仍要維持其水準,以免遭到剔除。