Title

親和性層析搭配質譜技術分析BEL-K之標的候選蛋白質

Translated Titles

BEL-K Target Candidate Identification by Affinity Chromatography and Mass Spectrometry

Authors

謝昀諭

Key Words

化學蛋白質體學 ; 親和性層析 ; 急性骨髓性白血病 ; FLT3 ; 質譜 ; chemical proteomics ; affinity chromatography ; AML ; FLT3 ; MS

PublicationName

臺灣師範大學化學系學位論文

Volume or Term/Year and Month of Publication

2011年

Academic Degree Category

碩士

Advisor

陳頌方

Content Language

繁體中文

Chinese Abstract

化學蛋白質體學中所搭配的親和性層析,利用了化合物和蛋白質之間有特異性的交互作用成為一個強而有力之特定蛋白質搜尋技術。本研究目標為提出一發展方法去闡明除了FLT3-TKD之外,找到其他新的BEL-K(急性骨髓性白血病候選藥物)的目標物。我們在此建立一個高通量的方法來分析在MV4-11細胞株內與藥物具分子間交互作用之蛋白質。MV4-11是其中一種FLT3突變的細胞株,因為FLT3的信號傳導通路會被FLT3酪胺酸激脢抑制劑阻斷,以往的研究常針對FLT3開發急性骨髓性白血病抑制劑。我們使用BEL-K合成的生物素標記化合物並固定在鏈黴親合素的顆粒上來製作管柱;以蛋白質標準品和FLT3-TKD加入BEL-K管柱用以評估適當的沖洗和洗脫條件。MV4-11細胞株裂解液被當作研究來源,以BEL-K的親和性層析研究其目標蛋白質。然而被洗脫的蛋白質進一步送進凝膠電泳(SDS-PAGE)和液相串聯質譜(LC-MS/MS)分析和資料庫搜尋鑑定BEL-K標的候選蛋白質。在複雜混合物測試結果中,從BEL-K管柱的洗脫液看出,FLT3-TKD可以明顯的被富集。MV4-11細胞株蛋白組內總共有969個蛋白質在此被鑑定到。BEK-K管柱被使用來抓取MV4-11裂解液中標的候選蛋白質。有280個目標蛋白質被鑑定到;它們大部分是BEL-K的新奇作用物和潛在的目標蛋白質。藉由GeneGo路徑分析,一部份蛋白質被認為是藥物目標物而且它們和DNA的衰亡有關係。除此之外,也共同促成影響MV4-11細胞增殖原因。

English Abstract

Affinity chromatography of chemical proteomics is a powerful screening technique that is based on the specific interaction between compound and target proteins. The challenge is to develop methods capable of accurately elucidating novel targets of BEL-K (an acute myeloid leukemia drug candidate) beside FLT3-TKD. A platform for high throughput analyzing drug-binding protein of MV4-11 cell line is developed in this study. Mutation of FLT3 in AML is the reasons for the great interest currently shown in the development of FLT3 kinase inhibitors. MV4-11 is a FLT3 mutation cell line, thus its major signal transduction pathway could be interrupted by tyrosine kinase inhibitor. The synthesized biotin-tagged BEL-K was immobilized on streptavidin beads to make a column; standard proteins and FLT3-TKD were applied to BEL-K column for the evaluation of appropriate wash and elute conditions. MV4-11 cell lysate was served as the source for the study of protein target of BEL-K using this biotin-tagged affinity chromatography strategy. The eluted proteins were further subjected to SDS-PAGE, LC-MS/MS analysis and database search for the identification of BEL-K target candidates. There were a total of 969 proteins identified in MV4-11 cell lysate proteome. BEL-K immobilized column was used to capture target protein candidates in MV4-11 cell lysate. Two hundred eighty target proteins were identified; most of them are novel interactors and potential targets of the BEL-K. By GeneGo pathway analysis, some of these proteins are considered as drug targets and they related to DNA apoptosis. Besides, they are also co-contributed to the effect on MV4-11 cell proliferation.

Topic Category 基礎與應用科學 > 化學
理學院 > 化學系
Reference
  1. (9) Stirewalt, D. L.; Radich, J. P. Nat Rev Cancer 2003, 3, 650.
    連結:
  2. (17) Reindl, C.; Spiekermann, K. Cell Cycle 2006, 5, 599.
    連結:
  3. (20) Frohling, S.; Scholl, C.; Levine, R. L.; Loriaux, M.; Boggon, T. J.; Bernard, O. A.; Berger, R.; Dohner, H.; Dohner, K.; Ebert, B. L.; Teckie, S.; Golub, T. R.; Jiang, J.; Schittenhelm, M. M.; Lee, B. H.; Griffin, J. D.; Stone, R. M.; Heinrich, M. C.; Deininger, M. W.; Druker, B. J.; Gilliland, D. G. Cancer Cell 2007, 12, 501.
    連結:
  4. (29) Blackstock, W. P.; Weir, M. P. Trends Biotechnol 1999, 17, 121.
    連結:
  5. (30) Swanson, S. K.; Washburn, M. P. Drug Discov Today 2005, 10, 719.
    連結:
  6. (34) Drews, J. Science 2000, 287, 1960.
    連結:
  7. (37) Patricelli, M. P.; Giang, D. K.; Stamp, L. M.; Burbaum, J. J. Proteomics 2001, 1, 1067.
    連結:
  8. (41) Saghatelian, A.; Jessani, N.; Joseph, A.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. P Natl Acad Sci USA 2004, 101, 10000.
    連結:
  9. (47) Cravatt, B. F.; Salisbury, C. M. P Natl Acad Sci USA 2007, 104, 1171.
    連結:
  10. (49) Barglow, K. T.; Cravatt, B. F. Chem Biol 2004, 11, 1523.
    連結:
  11. (50) Jeffery, D. A.; Bogyo, M. Curr Opin Biotech 2003, 14, 87.
    連結:
  12. (51) Jessani, N.; Cravatt, B. F. Curr Opin Chem Biol 2004, 8, 54.
    連結:
  13. (52) Speers, A. E.; Cravatt, B. F. Chembiochem 2004, 5, 41.
    連結:
  14. (53) Campbell, D. A.; Szardenings, A. K. Curr Opin Chem Biol 2003, 7, 296.
    連結:
  15. (55) Verhelst, S. H. L.; Bogyo, M. Biotechniques 2005, 38, 175.
    連結:
  16. (62) Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
    連結:
  17. (63) Iribarne, J. V.; Thomson, B. A. J Chem Phys 1976, 64, 2287.
    連結:
  18. (66) Kocher, T.; Allmaier, G.; Wilm, M. J Mass Spectrom 2003, 38, 131.
    連結:
  19. (72) Voyksner, R. D.; Lee, H. Rapid Commun Mass Sp 1999, 13, 1427.
    連結:
  20. (76) Listgarten, J.; Emili, A. Mol Cell Proteomics 2005, 4, 419.
    連結:
  21. (91) West, R. B.; Yaneva, M.; Lieber, M. R. Mol Cell Biol 1998, 18, 5908.
    連結:
  22. (93) Tomkinson, A. E.; Chen, L.; Trujillo, K.; Sung, P. Journal of Biological Chemistry 2000, 275, 26196.
    連結:
  23. (94) De Vos, W. H.; Houben, F.; Hoebe, R. A.; Hennekam, R.; van Engelen, B.; Manders, E. M.; Ramaekers, F. C.; Broers, J. L.; Van Oostveldt, P. Biochim Biophys Acta 2010, 1800, 448.
    連結:
  24. (98) Rutkowski, D. T.; Kaufman, R. J. Trends Cell Biol 2004, 14, 20.
    連結:
  25. (1) Buchner, T.; Urbanitz, D.; Hiddemann, W.; Ruhl, H.; Ludwig, W. D.; Fischer, J.; Aul, H. C.; Vaupel, H. A.; Kuse, R.; Zeile, G.; et al. J Clin Oncol 1985, 3, 1583.
  26. (2) Cassileth, P. A.; Begg, C. B.; Bennett, J. M.; Bozdech, M.; Kahn, S. B.; Weiler, C.; Glick, J. H. Blood 1984, 63, 843.
  27. (3) Cassileth, P. A.; Begg, C. B.; Silber, R.; Spiers, A.; Burkart, P. T.; Scharfman, W.; Knospe, W. H.; Bennett, J. M.; Mazza, J. J.; Oken, M. M.; et al. Cancer Treat Rep 1987, 71, 137.
  28. (4) Preisler, H. D.; Raza, A.; Early, A.; Kirshner, J.; Brecher, M.; Freeman, A.; Rustum, Y.; Azarnia, N.; Priore, R.; Sandberg, A.; et al. J Clin Oncol 1987, 5, 722.
  29. (5) Rohatiner, A. Z.; Gregory, W. M.; Bassan, R.; Barnett, M. J.; Waxman, J.; Richards, M. A.; Ganesan, T. S.; Tucker, J.; Malik, S. T.; Biruls, R.; et al. J Clin Oncol 1988, 6, 218.
  30. (6) Wolff, S. N.; Herzig, R. H.; Fay, J. W.; Phillips, G. L.; Lazarus, H. M.; Flexner, J. M.; Stein, R. S.; Greer, J. P.; Cooper, B.; Herzig, G. P. J Clin Oncol 1989, 7, 1260.
  31. (7) Zittoun, R.; Jehn, U.; Fiere, D.; Haanen, C.; Lowenberg, B.; Willemze, R.; Abels, J.; Bury, J.; Peetermans, M.; Hayat, M.; et al. Blood 1989, 73, 896.
  32. (8) Small, D.; Levenstein, M.; Kim, E.; Carow, C.; Amin, S.; Rockwell, P.; Witte, L.; Burrow, C.; Ratajczak, M. Z.; Gewirtz, A. M.; et al. Proc Natl Acad Sci U S A 1994, 91, 459.
  33. (10) Frohling, S.; Schlenk, R. F.; Breitruck, J.; Benner, A.; Kreitmeier, S.; Tobis, K.; Dohner, H.; Dohner, K. Blood 2002, 100, 4372.
  34. (11) Nakao, M.; Yokota, S.; Iwai, T.; Kaneko, H.; Horiike, S.; Kashima, K.; Sonoda, Y.; Fujimoto, T.; Misawa, S. Leukemia 1996, 10, 1911.
  35. (12) Yokota, S.; Kiyoi, H.; Nakao, M.; Iwai, T.; Misawa, S.; Okuda, T.; Sonoda, Y.; Abe, T.; Kahsima, K.; Matsuo, Y.; Naoe, T. Leukemia 1997, 11, 1605.
  36. (13) Abu-Duhier, F. M.; Goodeve, A. C.; Wilson, G. A.; Care, R. S.; Peake, I. R.; Reilly, J. T. Br J Haematol 2001, 113, 1076.
  37. (14) Yamamoto, Y.; Kiyoi, H.; Nakano, Y.; Suzuki, R.; Kodera, Y.; Miyawaki, S.; Asou, N.; Kuriyama, K.; Yagasaki, F.; Shimazaki, C.; Akiyama, H.; Saito, K.; Nishimura, M.; Motoji, T.; Shinagawa, K.; Takeshita, A.; Saito, H.; Ueda, R.; Ohno, R.; Naoe, T. Blood 2001, 97, 2434.
  38. (15) Lu, Y.; Kitaura, J.; Oki, T.; Komeno, Y.; Ozaki, K.; Kiyono, M.; Kumagai, H.; Nakajima, H.; Nosaka, T.; Aburatani, H.; Kitamura, T. Leukemia 2007, 21, 2246.
  39. (16) Scholl, S.; Krause, C.; Loncarevic, I. F.; Muller, R.; Kunert, C.; Wedding, U.; Sayer, H. G.; Clement, J. H.; Hoffken, K. J Lab Clin Med 2005, 145, 295.
  40. (18) Neben, K.; Schnittger, S.; Brors, B.; Tews, B.; Kokocinski, F.; Haferlach, T.; Muller, J.; Hahn, M.; Hiddemann, W.; Eils, R.; Lichter, P.; Schoch, C. Oncogene 2005, 24, 1580.
  41. (19) Taketani, T.; Taki, T.; Sugita, K.; Furuichi, Y.; Ishii, E.; Hanada, R.; Tsuchida, M.; Ida, K.; Hayashi, Y. Blood 2004, 103, 1085.
  42. (21) Reindl, C.; Bagrintseva, K.; Vempati, S.; Schnittger, S.; Ellwart, J. W.; Wenig, K.; Hopfner, K. P.; Hiddemann, W.; Spiekermann, K. Blood 2006, 107, 3700.
  43. (22) Smith, C. A.; Fan, G. Hum Pathol 2008, 39, 795.
  44. (23) Zheng, R.; Friedman, A. D.; Levis, M.; Li, L.; Weir, E. G.; Small, D. Blood 2004, 103, 1883.
  45. (24) Choudhary, C.; Schwable, J.; Brandts, C.; Tickenbrock, L.; Sargin, B.; Kindler, T.; Fischer, T.; Berdel, W. E.; Muller-Tidow, C.; Serve, H. Blood 2005, 106, 265.
  46. (25) Vempati, S.; Reindl, C.; Wolf, U.; Kern, R.; Petropoulos, K.; Naidu, V. M.; Buske, C.; Hiddemann, W.; Kohl, T. M.; Spiekermann, K. Clin Cancer Res 2008, 14, 4437.
  47. (26) Gianfelici, V.; Diverio, D.; Breccia, M.; Buffolino, S.; Derme, V.; Di Lascio, A.; Marinelli, M.; Santangelo, S.; Meloni, G.; Foa, R. Ann Hematol 2011, 90, 845.
  48. (27) Mattison, R. J.; Ostler, K. R.; Locke, F. L.; Godley, L. A. Rev Recent Clin Trials 2007, 2, 135.
  49. (28) Wasinger, V. C.; Cordwell, S. J.; Cerpa-Poljak, A.; Yan, J. X.; Gooley, A. A.; Wilkins, M. R.; Duncan, M. W.; Harris, R.; Williams, K. L.; Humphery-Smith, I. Electrophoresis 1995, 16, 1090.
  50. (31) Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd Nat Biotechnol 2001, 19, 242.
  51. (32) Wheeler, C. H.; Berry, S. L.; Wilkins, M. R.; Corbett, J. M.; Ou, K.; Gooley, A. A.; Humphery-Smith, I.; Williams, K. L.; Dunn, M. J. Electrophoresis 1996, 17, 580.
  52. (33) Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd Anal Chem 2001, 73, 5683.
  53. (35) Liu, Y. S.; Patricelli, M. P.; Cravatt, B. F. P Natl Acad Sci USA 1999, 96, 14694.
  54. (36) Kidd, D.; Liu, Y. S.; Cravatt, B. F. Biochemistry-Us 2001, 40, 4005.
  55. (38) Greenbaum, D.; Medzihradszky, K. F.; Burlingame, A.; Bogyo, M. Chem Biol 2000, 7, 569.
  56. (39) Kato, D.; Boatright, K. M.; Berger, A. B.; Nazif, T.; Blum, G.; Ryan, C.; Chehade, K. A. H.; Salvesen, G. S.; Bogyo, M. Nat Chem Biol 2005, 1, 33.
  57. (40) Li, Y. M.; Xu, M.; Lai, M. T.; Huang, Q.; Castro, J. L.; DiMuzio-Mower, J.; Harrison, T.; Lellis, C.; Nadin, J. L.; Neduvelil, J. G.; Register, R. B.; Sardana, M. K.; Shearman, M. S.; Smith, A. L.; Shi, X. P.; Yin, K. C.; Shafer, J. A.; Gardell, S. J. Nature 2000, 405, 689.
  58. (42) Chan, E. W. S.; Chattopadhaya, S.; Panicker, R. C.; Huang, X.; Yao, S. Q. J Am Chem Soc 2004, 126, 14435.
  59. (43) Sieber, S. A.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Cravatt, B. F. Nat Chem Biol 2006, 2, 274.
  60. (44) Kozarich, J. W.; Patricelli, M. P.; Szardenings, A. K.; Liyanage, M.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, M.; Weissig, H.; Aban, A.; Chun, D.; Tanner, S. Biochemistry-Us 2007, 46, 350.
  61. (45) Vocadlo, D. J.; Hang, H. C.; Kim, E. J.; Hanover, J. A.; Bertozzi, C. R. P Natl Acad Sci USA 2003, 100, 9116.
  62. (46) Hekmat, O.; Kim, Y. W.; Williams, S. J.; He, S. M.; Withers, S. G. Journal of Biological Chemistry 2005, 280, 35126.
  63. (48) Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Nature Biotechnology 2002, 20, 805.
  64. (54) Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Mol Cell Proteomics 2002, 1, 828.
  65. (56) Harding, M. W.; Galat, A.; Uehling, D. E.; Schreiber, S. L. Nature 1989, 341, 758.
  66. (57) Taunton, J.; Hassig, C. A.; Schreiber, S. L. Science 1996, 272, 408.
  67. (58) Fukuda, M.; Asano, S.; Nakamura, T.; Adachi, M.; Yoshida, M.; Yanagida, M.; Nishida, E. Nature 1997, 390, 308.
  68. (59) Katayama, H.; Oda, Y. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci 2007, 855, 21.
  69. (60) Lee, J. S.; Han, S. Y.; Kim, M. S.; Yu, C. M.; Kim, M. H.; Kim, S. H.; Min, Y. K.; Kim, B. T. Bioorg Med Chem Lett 2006, 16, 4733.
  70. (61) Frick, W.; Bauer-Schafer, A.; Bauer, J.; Girbig, F.; Corsiero, D.; Heuer, H.; Kramer, W. Bioorg Med Chem 2003, 11, 1639.
  71. (64) Aleksandro, M. L.; Gall, L. N.; Shkurov, V. A.; Pavlenko, V. A.; Krasnov, N. V.; Nikolaev, V. I. J. Anal. USSR 1984, 39, 1268.
  72. (65) Emmett, M. R.; White, F. M.; Hendrickson, C. L.; Shi, S. D.; Marshall, A. G. J Am Soc Mass Spectrom 1998, 9, 333.
  73. (67) Yi, E. C.; Lee, H.; Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Rapid Commun Mass Spectrom 2003, 17, 2093.
  74. (68) Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212.
  75. (69) Nesvizhskii, A. I.; Vitek, O.; Aebersold, R. Nat Methods 2007, 4, 787.
  76. (70) Chen, E. I.; Yates, J. R., 3rd Mol Oncol 2007, 1, 144.
  77. (71) Veenstra, T. D. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci 2007, 847, 3.
  78. (73) Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Liu, T.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol Cell Proteomics 2006, 5, 1727.
  79. (74) Li, X. J.; Yi, E. C.; Kemp, C. J.; Zhang, H.; Aebersold, R. Mol Cell Proteomics 2005, 4, 1328.
  80. (75) Jaffe, J. D.; Mani, D. R.; Leptos, K. C.; Church, G. M.; Gillette, M. A.; Carr, S. A. Mol Cell Proteomics 2006, 5, 1927.
  81. (77) Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd Anal Chem 2004, 76, 4193.
  82. (78) Blondeau, F.; Ritter, B.; Allaire, P. D.; Wasiak, S.; Girard, M.; Hussain, N. K.; Angers, A.; Legendre-Guillemin, V.; Roy, L.; Boismenu, D.; Kearney, R. E.; Bell, A. W.; Bergeron, J. J.; McPherson, P. S. Proc Natl Acad Sci U S A 2004, 101, 3833.
  83. (79) Link, A. J.; McAfee, K. J.; Duncan, D. T.; Assink, M. Mol Cell Proteomics 2006, 5, 1497.
  84. (80) Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol Cell Proteomics 2005, 4, 1265.
  85. (81) Colinge, J.; Chiappe, D.; Lagache, S.; Moniatte, M.; Bougueleret, L. Anal Chem 2005, 77, 596.
  86. (82) Zybailov, B.; Mosley, A. L.; Sardiu, M. E.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. J Proteome Res 2006, 5, 2339.
  87. (83) Lu, P.; Vogel, C.; Wang, R.; Yao, X.; Marcotte, E. M. Nat Biotechnol 2007, 25, 117.
  88. (84) Fu, X.; Gharib, S. A.; Green, P. S.; Aitken, M. L.; Frazer, D. A.; Park, D. R.; Vaisar, T.; Heinecke, J. W. J Proteome Res 2008, 7, 845.
  89. (85) Kim, H. S.; Cho, J. H.; Park, H. W.; Yoon, H.; Kim, M. S.; Kim, S. C. J Immunol 2002, 168, 2356.
  90. (86) Howell, S. J.; Wilk, D.; Yadav, S. P.; Bevins, C. L. Peptides 2003, 24, 1763.
  91. (87) Tollin, M.; Bergman, P.; Svenberg, T.; Jornvall, H.; Gudmundsson, G. H.; Agerberth, B. Peptides 2003, 24, 523.
  92. (88) Fan, Z.; Beresford, P. J.; Oh, D. Y.; Zhang, D.; Lieberman, J. Cell 2003, 115.
  93. (89) Hailat, N.; Keim, D. R.; Melhem, R. F.; Zhu, X. X.; Eckerskorn, C.; Brodeur, G. M.; Reynolds, C. P.; Seeger, R. C.; Lottspeich, F.; Strahler, J. R.; et al. J Clin Invest 1991, 88, 341.
  94. (90) MacDonald, N. J.; Freije, J. M.; Stracke, M. L.; Manrow, R. E.; Steeg, P. S. J Biol Chem 1996, 271, 25107.
  95. (92) Lieber, M. R.; Grawunder, U.; Zimmer, D.; Fugmann, S.; Schwarz, K. Molecular Cell 1998, 2, 477.
  96. (95) Ragnauth, C. D.; Warren, D. T.; Liu, Y.; McNair, R.; Tajsic, T.; Figg, N.; Shroff, R.; Skepper, J.; Shanahan, C. M. Circulation 2010, 121, 2200.
  97. (96) Pardo, J.; Aguilo, J. I.; Anel, A.; Martin, P.; Joeckel, L.; Borner, C.; Wallich, R.; Mullbacher, A.; Froelich, C. J.; Simon, M. M. Microbes Infect 2009, 11, 452.
  98. (97) Xu, C.; Bailly-Maitre, B.; Reed, J. C. J Clin Invest 2005, 115, 2656.
  99. (99) Szegezdi, E.; Logue, S. E.; Gorman, A. M.; Samali, A. EMBO Rep 2006, 7, 880.
  100. (100)Curtin, J. F.; Cotter, T. G. Cell Signal 2003, 15, 983.