行政院所屬新機關之運作係配合立法院分批完成立法,兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組織改造配套作業等因素而採分階段施行。目前已有20個部會及所屬以新機關組織架構順利啟動,科技部及所屬組織法定於民國103年3月3日施行,另原住民族委員會組織法業經立法院三讀,施行日期尚待行政院核定外,至未完成立法之7部會及所屬組織法案也將於法制完備並籌備周妥後陸續穩健施行。組織改造不僅是組織數量的精簡,更應是政府職能的提升。本研究按行為主體的不同,導出如機關內部的「『司』與『署』、『局』之橫向關係」、府際間的「中央政府與地方政府業務之對應關係」、公法人間的「組織型態之轉換關係」、機關外部的「行政機關與獨立機關之互動關係」及「政府職能之轉變關係」等公部門組織改革面臨的五大議題,期能透過上開議題的發軔,使政府的職能與角色可得合理規劃,逐步建構「精實、彈性、效能」的行政體制,體現優質公共治理的精神。