本文依四個階段分析行政院的組織改造。首先,在解嚴前,行政院組織改造的目的,主要是在彌補行政院過度壓縮成「8部2會」後的動能不足,也在展現威權體制從上到下的控制與主導,同時,也表現出對其核心支持者的照顧。其次,在解嚴之後,行政院的組織改造反映民間社會和立法部門的迅速擴張,故不僅看到他們積極提出各種改革方案,亦促使政府在完成行政院的整體改革布局之前,又增生各種反應民間要求的部會層級組織。另外,在強調全球化與本土化的階段,朝野的紛爭導致國家發展會議的召開,也分別促成政府再造與政府改造運動的推動;而且,最後,在馬總統強調「撥亂反正」的民國99年初,通過「行政院組織法」的修正,並初步完成「小而能」政府的改造。