PHP程式設計在藥物質譜資料庫上的應用

本研究以建立離子阱式液相層析質譜資料庫為開端，再撰寫PHP程式提昇資料庫的功能，在應用的層面進行橫向擴充。實驗首先更改現有的質譜分析軟體Xcalibur，隨後於電灑游離法/離子阱質譜儀(LCQ classical)進行質譜分析，將藥物圖譜加入Xcalibur質譜資料庫。然而，利用Xcalibur所建立的資料庫介面複雜，要能夠熟悉地操作往往需要相當的時間來學習；更麻煩的是，它只能儲存單純的質譜訊息，無法提供更多的欄位與功能，更無法與其他資料庫聯繫，造成資源和時間的浪費。基於這些原因，我們使用了開放原始碼的程式語言--PHP，搭配MySQL關聯式資料庫管理系統，建構LC/MS/MS藥物質譜資料庫的製作。在建立資料庫的同時，我們嘗試著以PHP程式設計，自行撰寫程式，針對資料庫中的藥物質譜圖資訊，利用同位素峰在峰群中的分布比例，分析質譜圖中其化學元素的組成，更進一步藉著程式的撰寫，能從藥物的二次質譜圖中，成功地比對出藥物的種類。最後我們以自己撰寫的搜尋程式和Xcalibur程式，進行搜尋能力的比較，結果發現：本研究中所撰寫的搜尋程式，在搜尋速度上略慢於Xcalibur，但在搜尋正確率則與Xcalibur相當，當同時進行二次質譜圖的搜尋，正確性更為提升。

關鍵字

質譜；藥物；液相層析；資料庫；程式設計；質譜分析

並列摘要

In this study, an ion trap LC/MS/MS library was built, and expanded its function to make it more useful. At beginning, we used the software, Xcalibur, which is appended by LCQ mass spectrometer to build a LC/MS/MS drugs library. However, the operation of Xcalibur is not friendly, users should spend a lot of time for learning how to use it. Furthermore, Xcailbur just can record few constant information, if we have extra information, for example, the classification of the drugs or MS/MS, it can not be recorded in Xcalibur. We should build another library to record these extra information and always waste a lot of time. For these reasons, we used PHP, an open source programming language, and combine MySQL, a kind of relational database management system (RDBMS), to build a LC/MS/MS drugs library. After that, data in drugs library was analyzed according to the ratio of isotope in a group of peaks in drugs spectrums to forecast the chemical composition of drugs. By PHP programming, we also can find the correct MS/MS spectrum from our library by an unknown spectrum. Finally, we compare the search capability of MS/MS mass spectrum with our library’s system and Xcalibur’s system. We consider both of their search capabilities are acceptable.

並列關鍵字

PHP ； LC ； MS ； Programming ； Drugs ； library ； database ； Mass Spectrometric Analysis

參考文獻

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