利用系統化方法於大腸桿菌細胞族群控制裂解基因電路設計

Systematic Approach to Escherichia coli Cell Population Control by Lysis Genetic Circuit

余祖鈞(Tsu-Chun Yu)

指導教授 ： 陳博現

國立清華大學/電機資訊學院/電機工程學系/碩士(2013年)

摘要

細胞族群控制被使用於調控其細胞族群密度和維持特定的細胞族群密度。在本研究中，我們利用了從Biobricks裡的BBa_K11700元件來裂解宿主大腸桿菌。BBa_K11700是藉由在抑制型TetR調控的啟動子-核糖體元件或促進型LuxR調控的啟動子-核糖體元件下的裂解基因電路來調控其細胞族群密度。在這裡，我們提供了有效的設計方法學來設計裂解基因電路達成想要的細胞族群密度控制。我們首先建構了裂解基因電路。基於裂解電路的穩態模型，裂解電路的能力是被用於描述啟動子-核糖體元件和誘導物濃度之間的關係，從此關係我們可以觀察出主要影響細胞族群密度的因子，然後，良好特性化的啟動子-核糖體元件結合位元件庫被建立以及裂解速率從實驗的量測數據裡被識別出來。最後，依據使用者的設計規範，一個系統化設計方法被提出來達成強健的穩態細胞族群密度控制，藉由從啟動子-核糖體元件結合位元件庫選擇出一組適當的啟動子-核糖體元件組合和相對應的適當可執行範圍的誘導物濃度來提供合成生物學家達到想要的細胞族群密度調控。因此，根據本文的設計流程，我們相信我們所提出的使用者為導向的設計方法來達成想要的細胞族群密度控制，將提供於快速成長的合成生物領域，一個有用的設計指引來設計日漸複雜的基因調控網路。

關鍵字

合成生物學 ； 裂解基因電路 ； 基因演算法

並列摘要

無資料

並列關鍵字

Synthetic biology ； Lysis genetic circuit ； Genetic algorithm

參考文獻

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