九七修憲結果在中央政府體制方面,採取了所謂「雙首長制」的設計,取消立法院對行政院院長的同意權,而引進不信任案與被動解散權。本文主張,雙首長制其實是動員戡亂時期以來的「總統(國安會)-行政院」的雙元行政體制的延續與鞏固,重大疑義例如:總統是否擁有對行政院院長的單獨免職權、總統的國家安全有關大政方針之決定權對行政院是否有法律上拘束力、是否應經行政院院長之副署、具體範圍等,以制度論,雙首長制的必然內在困境;行政權分裂、總統有權無責、換軌的高度不確定性與其可能之負面政治後果,均不利於正在民主化的台灣。成功條件例如原來就已經有深厚的內閣制傳統、穩定的兩大政黨(聯盟)、國會中具有穩定多數、分析並預測在我國現行體制與相關政治條件下,採取雙首長制可能會出現的難題。