二○○○年底在臺灣發生的天主教大學憲章事件,除了與自山主義及社群主義相關外,也涉及到憲法上對宗教自由保障的釐清,以及其可能與學術自由衝突的一些基本權利問題。究竟天主教大學可否主張其享有宗教自由?其得否主張大學自治權,而將天主教大學憲章放入教師聘任規則中?這樣的大學自治內容,是否符合學術自山的憲法保障?其對教師講學自由的限制,究竟是否合憲?這一系列問題的回答,必須先瞭解憲法上學術自由的保障。因此,本文從釐清學術自由的保護法益出發,由此確立學術自由的基本權利構成要件,再探討天主教大學所主張的宗教自由問題,進一步按檢驗基本權利限制的步驟,分析天主教大學憲章案的合憲情,並提出宗教大學的類型化建議,希冀能解決學術自由在宗教大學的實踐問題。