本論文以賽局理論及個體實證的方法,探討台灣在實施健保總額預算制度前後,醫生及醫療機構如何改變其策略互動的行為。理論結果發現在總額預算制度實施後,醫生及醫療機構的服務量會隨著醫生人數增加而增加,造成醫生每筆服務的收入降低,而陷入囚犯的困境。本文也發現若醫療機構間欲藉由勾結來脫離該囚犯困境,其難度也會隨著醫生人數的增加而增加,降低彼此間勾結的可行性。本論文使用1997年到2008年的台灣健保資料來實證理論的結果,發現無論是使用牙醫、中醫、西醫基層、及醫院門診的全部樣本,或是取特定疾病做分析的部份樣本中,各部門都同樣遭遇到囚犯困境的問題。實證結果也發現各部門都有以勾結的方式來脫離該困境的可能性,且以醫生數最少的牙醫總額部門的勾結可能性最高,而醫生數最多的醫院部門則為最低。本文也同時分析總額預算制度如何影響醫療機構其它的行為,如開藥行為及醫療品質的提供。結果顯示總額預算制度對醫療機構的行為都有一定的影響,且隨部門而不同。