我國訴訟實務上,曾見有藉由提起訴訟,利用司法程序以窺探競爭對手營業秘密之情事,對於企業創新的果實,已構成嚴重的威脅。由於目前偵查程序中無論於羈押審查程序、搜索扣押、偵查訊問或是司法鑑定均有「揭露」營業秘密之需求,倘若無足夠的機制「保護」營業秘密,偵查程序無異成為營業秘密保護漏洞。 為強化刑事偵查程序保密措施,行政機關、司法人員、立法委員及學者專家,已開始研議「偵查中」秘密保持命令制度,然至今仍對於秘密保持命令法律性質、核發主體以及相關配套等意見分歧,仍爭議未決。本研究檢視我國偵查程序營業秘密保護之相關規範,並借鏡智慧財產案件審理法及美國法「秘密保持命令」制度,嘗試建構刑事偵查程序保護營業秘密應有之制度設計,以調和「揭露營業秘密」及「保護營業秘密」兩方利益相衝突之情形。 目前我國智慧財產案件審理法秘密保持命令制度並不適用於「偵查程序」,已形成營業秘密保護之漏洞,即便民刑事「審判程序」適用秘密保持命令制度,但實務運作上仍停留在「刑罰伺候」的思維,以為刑罰可以解決任何問題。經借鏡比較法上案例發現,應著重於如何保護「揭露」,而非一味的以為只要單純的課予刑責,營業秘密就能獲得確保,因為一旦訴訟程序中營業秘密遭到接觸卷證之人洩露,後果則如何美國United States v. Ye 一案法院所述:當事人「只剩下沒有意義的追訴權」。 由於營業秘密係受我國憲法所保障之財產權,且於我國釋憲實務上所是認,本研究從營業秘密保護理論開展並介紹國際上營業秘密法制發展之趨勢,進而對於秘密保持命令之法律性質、聲請及核發命令主體以及救濟程序等加以分析,再借鏡比較法上經驗,希望對於目前各方爭議的修法議題有所助益。