以不同分子標誌評估稻屬物種遺傳歧異度之能力

Evaluation of different molecular marker systems on the genetic diversity analysis of rice species

鄭智允(Chih-Yun Cheng) ； 古新梅(Hsin-Mei Ku)

《桃園區農業改良場研究彙報》 88期 (2020/12) Pp. 1-22

摘要

作物種原的遺傳歧異度分析，有許多分子標誌可作為依據，但面臨不知如何從如此多類分子標誌中選擇適當或最有效率者進行分析。本次試驗中，藉由13種親緣關係較為清楚之稻屬（Oryza）物種，評估4種分子標誌RAPD、ISSR、SRAP及水稻SSR應用於稻屬分群之效益。20個RAPD、18個ISSR、24個SRAP及120個單子葉SSR分子標誌共可分別增幅379、334、878及3,750個片段，並根據Jaccard相似係數所計算之相似矩陣，以UPGMA建立樹狀圖。綜合考量多型性片段、RP值及最後分類分群的結果，推論在稻屬內進行遺傳歧異度的分析效率以SRAP最好，SSR次之，ISSR與RAPD較差，此外合併四種分子標誌進行分析，可以得到最佳的分群結果，合併使用優於單獨使用。

關鍵字

集群分析 ； RAPD ； ISSR ； SRAP ； SSR

並列摘要

Many different types of molecular markers can be used for genetic diversity analysis. The current problem is that we do not know how to choose the most appropriate or most efficient one from so many types of molecular markers for genetic diversity analysis. In this study, 13 Oryza species with relatively clear genetic relationships were used to evaluate different molecular markers such as RAPD, ISSR, SRAP and Oryza sativa SSR for the genetic diversity analysis. The PCR results of 20 RAPD, 18 ISSR, 24 SRAP, and 120 O. sativa SSR primers/primer pairs could amplified 379, 334, 878, 3750 fragments in rice species respectively. Base on results of dendrogram of 13 Oryza species and RP values. SRAP and O. sativa SSR showed more effective than RAPD and ISSR in genetic diversity analysis of Oryza. Combination of four different marker systems showed more effective in genetic diversity analysis base on polymorphic loci ratios, and RP value.

並列關鍵字

cluster ； RAPD ； ISSR ； SRAP ； SSR