《黃帝甲乙經》與《黃帝三部鍼經》皆非出自皇甫謐、《醫心方．孔穴主治法》以楊玄操《黃帝明堂經》為底本

《黃帝甲乙經》類編《素問》與《鍼經》兩部，故謂甲乙；成書於455-501年。631-647年另類編“官修”《黃帝明堂》，故謂三部；而得《黃帝三部鍼經》。二書有別，連同序文皆是後人偽託皇甫謐所作。考證“皇甫氏”同時與《甲乙經》、《三部鍼經》的聯繫始於初唐楊玄操。宋臣校正時訛二書為一，衍作《黃帝三部鍼灸甲乙經》；這個錯誤至今無人釐清。“古本”《明堂》成書於319-453年。共349穴，只講硬體孔穴位置與主治，依頭背、胸腹、手足舉列，無歸經流注，無五輸穴，無配屬五行。620-625年甄權據此將整條四肢穴位歸經而皆向上流注曰“新撰”《明堂》。628-630年李襲譽以其為底本撰“官修”《黃帝明堂》，五行羼入五輸穴。632-648年楊玄操演注《八十一難經》。649-674年注“古本”《明堂》，將穴位歸經小注於旁而稱《黃帝明堂經》。650-675年撰《明堂音義》。675-676年楊上善類編《太素》抄襲楊玄操演注《八十一難經》訓“賁為膈”。另仿楊玄操而將歸經小字移作正文，於676-677年奉敕撰《黃帝內經明堂》；349穴全部歸經，陰陽表裏經循環相貫。並抄襲楊玄操訓“井者為山谷之中，泉水初出之處，非謂掘作之井。”兩本官修皆講穴位被刺激後的軟體流注。《太素》引用的《明堂經》是指“官修”《黃帝明堂》。《醫心方．孔穴主治法》正文作洞“洩”、飧“洩”者乃唐高宗避諱極嚴，回推唐太宗李世民之單名，並擴及邊旁而改“泄”字。〈孔穴主治法〉底本為楊玄操《黃帝明堂經》，984年丹波康賴再增風市等5穴。《醫心方．諸家取背輸法》另引用《明堂音義》與《黃帝內經明堂》。黃龍祥《輯校黃帝明堂經》復作“古本”《明堂》者恐誤，因後者沒有歸經流注與五行；故黃氏所復輯的應是“官修”《黃帝明堂》。又成書於東漢初的《內經》只有155穴，而“古本”《明堂》卻有349穴；故其成書必晚於《內經》。