在血液透析抗凝劑的選擇上,美國大部分的病人仍使用未經分離的肝素,而歐洲則是以低分子量肝素為首要選擇,但是美國FDA尚未通過低分子量肝素使用在透析病人身上。當然未經分離的肝素具有容易使用、安全、便宜等優點。未經分離肝素和低分子量肝素的副作用包括骨質疏鬆症、高血脂、高血鉀、和血小板低下症等,雖然目前尚未確定血液透析的病人間歇性的使用肝素是否會造成骨質疏鬆症,因為這群病人多具有年紀、活動性較低、維他命D缺乏、次發性副甲狀腺亢進等干擾是因子。一旦發生肝素引起的血小板低下症,那麼其他替代方案可選擇直接凝血酶抑制劑、局部檸檬酸透析、含檸檬酸透析液、或無肝素透析等方法。